日常見かけるコンテナはカラフルな塗装が施されています。同じ規格のコンテナが一箇所に山積みされていると、盗むつもりがなくても誤って持っていく可能性があります。カラフルな塗装には自社のコンテナを区別し分かりやすくする目的もあります。

倉庫の壁を壊され、商品を盗まれたという事件がニュースになったりしますが、海上コンテナは頑丈なのでバール等で壁を壊すことは容易でありません。
設置場所にもよりますが、チェーンソー等の電動工具でこじ開けようとすれば大きな音がしますので泥棒にとってはリスクが高い行為となります。
絶対はありませんが、コンテナ本体の破壊による短時間での盗難は考えにくいと言えます。

それでも心配なら、コンテナの外に、人感ライトや防犯カメラ等の設置で盗難抑止等を施工することを検討してもよいかもしれまん。
美術品や貴重品の保管用途の場合は、一般的なコンテナ使用と異なりセキュリティ対策は別問題として取り組んでいただくことになります。